La CPEC a pour mission d’organiser et d’offrir aux populations urbaines et rurales des services financiers afin d’améliorer leur bancarisation et de promouvoir le développement local tout en assurant la pérennité de l’institution.

Rendre les produits et services financiers accessibles aux exclus du système bancaire classique (ménages à faibles revenus, jeunes, retraités, chômeurs, femmes).
Autres bénéficiaires : Associations collectives, très petites entreprises, jeunes diplômés, divers personnes souhaitant produire des Activités Génératrices de Revenus (AGR).

Les principales missions de la CPEC de Djibouti sont de :

• Collecter l’épargne de ses membres ;
• Gérer les dépôts de fonds des partenaires pour ses membres ;
• Consentir des prêts à court, moyen et long termes à ses membres conformément à la réglementation en vigueur dans le réseau de microfinance.
• Promouvoir la croissance, le développement et la diversification du secteur des micros entreprises a Djibouti .
• Favoriser l’intégration socio-économique des  plus deminus par la création d’emplois durable .

D’autre part, la CPEC mets à la disposition d’une franche de la population Djiboutienne écartée du système bancaire classique des produits et services financière abordables .